ישיבת מרכז הרב היא הישיבה הציונית הראשונה. היא נוסדה בקיץ שנת תרפ"ג על ידי הגאון רבי אברהם יצחק הכהן קוק זצ"ל, רבה הראשי האשכנזי הראשון של ארץ ישראל. חלום הקמת הישיבה ליווה את הרב זצ"ל כבר בהיותו צעיר לימים. כאשר כיהן כרבה של יפו והמושבות, בין השנים תרס"ד–תרע"ד החל חלום הישיבה לקרום עור וגידים יחד עם השאיפה לעלות לירושלים.

בשנת תרע"ט נבחר הרב זצ"ל לשמש כרבה של ירושלים ולאחר מכן כרבה של ארץ ישראל. במסגרת תפקידו הוא ביקש להקים תנועה בשם "דגל ירושלים" אשר אחת ממשימותיה העיקריות הינה הקמת ישיבה שתשמש כמוקד לדיונים הלכתיים ורעיוניים. הישיבה בחזונו של הרב זצ"ל היוותה יעד לאומי ממדרגה ראשונה.

ניצנים ראשונים של הקמת הישיבה החלו בחוג מצומצם של מספר תלמידי ישיבות ירושלמיות שהתכנסו יחדיו כדי לשמוע שיעורים בהלכה ובאגדה מפיו של הרב זצ"ל. תוכניות הלימודים ומגמות החינוך בישיבה נכתבו לראשונה בחנוכה שנת תרפ"ב על ידי הרב דוד הכהן ["הנזיר"] שהיה מגדולי תלמידי הרב זצ"ל.  תוכניות אלו היו מקיפות מאד והיוו חידוש נועז ומרחיק לכת בעולם הישיבות של היישוב הישן. חדשנות זו מתבטאת הן בהיקף הידיעות שנדרשו מתלמידי הישיבה בנגלה ובנסתר והן בתכני הלימוד עצמם שכללו לימוד תנ"ך, התמודדות עם ביקורת המקרא והעמקה במחשבת ישראל לדורותיה.

הישיבה הוקמה בביתו של הרב קוק במקום בו נמצא היום "מוזיאון הרב קוק" [כיום ברחוב הרב קוק]. כראש ישיבה לצידו של הרב זצ"ל התמנה הגאון רבי אברהם אהרן בורשטיין, הגאון מטבריג. לשיעוריו הגיעו רבים מתלמידי החכמים שבירושלים ואף כאלו שלא בהכרח היו קשורים לישיבה. כעבור שנתיים ימים בלבד נפטר הגאון מטבריג ובאותה תקופה התנהלו מגעים עם הגאון רבי שמעון יהודה הכהן שקופ מגרודנא בעל ה"שערי יושר" שישמש כאחד מאנשי הצוות בישיבה, אך לבסוף לא יצא דבר זה אל הפועל. כמו כן התנהלו מגעים עם הגאון רבי יחזקאל אברמסקי בעל ה"חזון יחזקאל" מלונדון שישמש אף הוא כאחד מאנשי הצוות בישיבה אך גם מינוי זה לא יצא בסופו של דבר אל הפועל.

הרב קוק []

יחסו החיובי של הרב זצ"ל ליישוב ארץ ישראל והשקפתו הלאומית-דתית, כמו כן יחסי הקרבה שרחש לציבור החילוני השפיעו במידה ניכרת על חלק מבני הישיבה להשתתף בפעילות אקטיבית בארגוני המחתרות בתקופה שקודם להקמת מדינת ישראל. במסגרת הפעילות הלאומית שעל ברכיה חונכו תלמידי הישיבה, הוקמה תנועת הנוער "בני עקיבא" על ידי הרב משה צבי נריה - מבוגרי הישיבה.

בחודש מרחשון תר"צ, ייסד הרב זצ"ל מכינה לישיבת מרכז הרב. המכינה נועדה להכשיר תלמידים בגילאי 14-18 ללמוד בישיבה הגדולה שנקראה בשם "ישיבת תורת ירושלים". מכינה זו שימשה גרעין חשוב לגלגולה המאוחר יותר בדמות "ישיבת ירושלים לצעירים" [ישל"צ], שהוקמה לימים ליד הישיבה המרכזית ומתפקדת עד עצם היום הזה.

לאחר פטירת הרב זצ"ל באלול שנת תרצ"ה, שימש הרב יעקב משה חרל"פ, רבה של שכונת "שערי חסד" בירושלים ומתלמידי הרב זצ"ל המובהקים ביותר, כראש ישיבה. למעשה לתפקיד זה מונה עוד בחיי חיותו של הרב זצ"ל, אך לאחר פטירת הרב זצ"ל הוא לבדו נשא בעול הישיבה. מצבו הבריאותי המעורער של הרב חרל"פ הוסיף קושי על המצב הכללי הירוד של הישיבה בתקופה זו, שהייתה קשה ליישוב היהודי כולו, מפני התנכלות הערבים והשפל הכלכלי.

בשנת תש"ה, בעקבות בקשתו של הרב צבי יהודה הכהן קוק בנו של הרב זצ"ל, הצטרף רבי אברהם אלקנה הכהן שפירא לצוות הישיבה. לימים, שימש הרב שפירא בתפקיד הרב  הראשי האשכנזי לארץ ישראל. בשנת תש"ח, עם פרוץ מלחמת העצמאות, גוייסו רבים וטובים מבני הישיבה ושרתו במסגרת ההגנה. רבים מבני הישיבה לא שבו אליה לאחר המלחמה וכך ירדה קרנה של הישיבה ירידה נוספת.

בחודש כסלו שנת תשי"ב נפטר הרב חרל"פ לבית עולמו. מעט לפני כן, אחר שחלה הרב חרל"פ את מחלתו האחרונה, החל הרב שפירא למסור שיעורים כלליים בהיכל הישיבה. עם פטירת הרב חרל"פ, החל רבי צבי יהודה לכהן כראש ישיבה. בשנת תשי"ט, פנה הרב צבי יהודה לרב שאול ישראלי וביקשו כי ישא שיעור כללי בישיבה לצידו של הרב שפירא. על אף עיסוקיו הרבים ולאחר ששימש תקופה ארוכה כרבו של מושב כפר הרוא"ה בעמק חפר, הסכים הרב ישראלי לקבל על עצמו אחריות זו ונשא בה עד סוף ימיו.

באלול תש"כ הונחה אבן הפינה למשכנה החדש של הישיבה, ולאחר כארבע שנים באלול שנת תשכ"ד החלה הישיבה את לימודיה במבנה החדש בשכונת קריית משה בירושלים. באותה התקופה הכפילה הישיבה את מספר תלמידיה ועמדה על כמאתיים בחורים. בתקופה זו הייתה מעורבות רבה של תלמידי הישיבה בחיי המדינה וסוגיות שונות שעמדו אז על סדר היום הציבורי. וכמשל, הפגנה נגד המיסיון ברחוב הנביאים בירושלים או הפרעה לקונצרט חזנות אנטישמי. בפעולות אלו נעצרו עשרות מתלמידי הישיבה.

בשנת תשל"ד נתכנסו מספר תלמידי הישיבה בכדי ליצור תנועת התעוררות להגשמת חזון ההתיישבות הציונית. גוף זה נקרא בשם "גוש אמונים" והוא החל לפעול באופן אקטיבי. גוף זה אחראי להקמת התנחלויות רבות בשטחי יהודה שומרון ועזה שנכבשו לאחר מלחמת ששת הימים.

תלמידי הישיבה פעלו רבות למען עלייתם של יהודי ברית המועצות לארץ ישראל על ידי הגברת תודעתם בקרב יושבי הארץ. מדי שנה ביום ירושלים נערכה בישיבה עצרת מרכזית גדולה לציון יום ירושלים, בהשתתפות אישי ציבור וקהל רב. במשך שנים רבות היה מגיע אף ראש הממשלה לאירוע זה, אולם בשנים האחרונות פסק נוהג זה בשל מדיניות ממשלתית המנוגדת להלכה ביחס למסירת חלקים מארץ ישראל לערבים. לאחר סיום האירוע ישנה תהלוכה מסורתית של תלמידי הישיבה לאורך העיר ירושלים עד לכותל המערבי.

הסכם השלום בין ישראל למצרים, שבו החזירה ישראל את חצי האי סיני, עקרה את העיר ימית וגירשה את יושביה היהודים, החמירו את מצבו הבריאותי של הרב צבי יהודה, וזמן מה לאחר מכן בחודש אדר תשמ"ב הוא השיב את נשמתו לגנזי מרומים. את הישיבה המשיכו להנהיג יחדיו הרב שפירא והרב שאול ישראלי. בשנת תשמ"ג, התמנה הרב שפירא כרב הראשי האשכנזי לארץ ישראל, יחד עם, יבדל לחיים, הרב מרדכי אליהו הרב הראשי הספרדי לארץ ישראל. הרב שפירא לא חת מפני איש, ובזמן "הסכם אוסלו" פירסם את דעתו כי חייל חייב לסרב פקודה באם מצווים עליו לגרש יהודים מביתם.

בחורף תשנ"ה חלה הרב ישראלי ובקיץ באותה השנה נתבקש לישיבה של מעלה. את ראשות הישיבה המשיך הרב שפירא לבדו. בשנים האחרונות לחייו הוא מינה את בנו ותלמידו המובהק, הרב יעקב אלעזר שפירא, שישמש כיד ימינו בהנהלת הישיבה, כאחד מאנשי הצוות בישיבה ולהעביר שיעורים כלליים לצידו בישיבה. ביום טוב הראשון של חג הסוכות בשנת תשס"ח נתבקש הרב שפירא לישיבה של מעלה. הוא נטמן בלוויה רבת משתתפים בהר הזיתים, סמוך לקברם של ראשי הישיבה הקודמים - הרב אברהם יצחק הכהן קוק ובנו הרב צבי יהודה, ושל קודמו ברבנות הראשית - הרב שלמה גורן.
 
בראש חודש אדר תשס"ח עלתה הישיבה לתודעת העולם כולו בנסיבות טראגיות. מחבל ערבי חמוש נכנס לאוצר הספרים של הישיבה והרג את כל מי שנקרא בדרכו. שמונה בחורים צעירים, מטובי הישיבה, קפדו את חייהם כאשר דמם ניגר ונספג בספרי הקודש. ה' יקום דמם.

הלוויה [צלם]

כיום, הישיבה מונה מאות רבות של תלמידים הממשיכים בלימוד התורה בדרכו של הרב קוק זצ"ל. רוב רובם של האישים התורניים הבולטים בציונות הדתית, ראשי ישיבות, אולפנות , רבני ערים, ועוד הם מתוצרתה של הישיבה.