החל ממוצאי יום טוב ראשון של  חג הפסח, דהיינו - ליל ט"ז בניסן, מתחילים לספור ספירת העומר עד לחג השבועות. מצווה זו טעונה ברכה ככל המצוות "על ספירת העומר".

ביום הראשון סופר "היום יום אחד לעומר" וכן בשאר הימים. אחר שבוע של ספירה, דהיינו ביום השביעי, מונים אף את השבועות "היום שבעה ימים שהם שבוע אחד לעומר", וביום השמיני סופר "היום שמונה ימים שהם שבוע אחד ויום אחד לעומר" או בנוסח עדות המזרח "היום שמונה ימים לעומר שהם שבוע אחד ויום אחד".

סופרים שבעה שבעות שהם ארבעים ותשעה ימים, ומה שכתבה התורה "תספרו חמישים יום" קבלו חז"ל שפירושו - עד ליום החמישים תספרו ולא עד בכלל. מצווה זו לא נוהגת רק על הבית דין אלא נוהגת על כל אחד ואחד שיספור. ומצווה זו נוהגת גם בזמן הזה שאין בית המקדש קיים ואין קרבן עומר, אלא שהרבה מהראשונים סוברים שבזמן הזה המצווה היא רק מדרבנן. מצווה זו נוהגת בלילה כיוון שכתוב "תמימות תהיינה" ואי אפשר למצוא תמימות אלא אם כן מתחילים בתחילת הלילה של ליל ט"ז, ומכיוון שספירה ראשונה בלילה אף שאר הספירות שווין לה.

סופרים את העומר אחרי תפילת ערבית, כיוון שתפילת ערבית וקריאת שמע תדירות הן קודמות לספירת העומר. לא ספר בתחילת הלילה - סופר כל הלילה עד שיעלה עמוד השחר. עלה עמוד השחר ולא ספר - סופר ביום ללא ברכה, ובלילה ממשיך בספירה עם ברכה. לא נזכר אף לאחר ששקעה החמה ונמצא ששכח לספור בכל אותו היום - ממשיך בלילה לספור אך ללא ברכה.

השואל את חבירו כמה ימי הספירה בלילה זה? אם הנשאל טרם ספר, יזהר שלא יאמר לו הספירה של הלילה, שהרי יש לחוש שיצא בכך ידי חובתו ושוב לא יוכל לספור בברכה כתיקונה. אלא כך ישיב לו: "אתמול ספרנו כך וכך". וביותר צריך האדם להיזהר בל"ג בעומר שלא יאמר לפני שספר "ל"ג בעומר היום", כיוון ששם היום שגור בפיו. ובדיעבד אם אמר כך, יחזור ויספור בברכה, כיוון שלא הזכיר המניין בפירוש אלא בראשי תיבות, וכל הסופר בראשי תיבות לא יצא. אך אם אמר את המניין בפירוש, ואפילו שלא הזכיר את המילה "לעומר", שוב אינו סופר בברכה בלילה זה. ואם לא אמר את המילה "היום", לא יצא בזה ידי חובתו וחוזר וסופר בברכה, לפי שעיקרה של ספירה הוא לספור את היום.

ספק מעניין מעורר  רבי עקיבא איגר: אדם שכתב על נייר את הספירה, האם קיים בזה את המצווה? האם "כתיבה" כ"דיבור"? ברך וספר, ואחר כך נתברר לו שטעה בספרתו - אם נזכר תוך כדי דיבור חוזר וסופר את המספר הנכון. ואם נזכר לאחר כדי דיבור, הרי זה כמי שלא ספר וחוזר וסופר בברכה.

המנהג הוא כי השליח ציבור מברך וסופר בקול רם ולאחר מכן הקהל מברך וסופר. בשנים קדמוניות המנהג היה הפוך, דהיינו, קודם ברך הקהל ואחר כך  חזר וברך השליח ציבור, וזאת כדי שהקהל לא יצא ידי חובתו בספירתו של השליח ציבור.

נשים סופרות אך ללא ברכה, כיוון שיש צד גדול שהן תשכחנה יום אחד מלספור. על מצווה זו לא מברכים "שהחיינו" והרבה טעמים נתנו לזה הקדמונים. אחד, כיוון שמצווה זו היא רק הכנה לחג השבועות ועל חג השבועות מברכים שהחיינו. טעם נוסף, שמא ישכח לספור יום אחד ונמצאת הברכה לבטלה.וכן - ברכת שהחיינו היא על דברים שמחים, לא כן ספירת העומר שהינה זכר לבית המקדש החרב.

בטעמה של מצווה זו מסביר ה"חינוך", שכל עיקרם של ישראל אינו אלא התורה, ולכן אנו מונים ממחרת הפסח עד נתינת התורה כדי להראות כמה נכספים אנו ליום הזה. ולכן אנו מתחילים לספור את הימים שעברנו ולא את הימים שנעבור, כדי לא להזכיר בתחילת חשבוננו את ריבוי הימים.

חכמי הסוד, המה גורי האריז"ל, מייחדים את ימי הספירה לתקן בהם פגמים אשר נפלו בשבע המידות אשר עליהן העולם בנוי. ואלו הן שבע המידות: חסד, גבורה, תפארת, נצח, הוד, יסוד ומלכות. וחשבונם הוא כך, מחלקים את ארבעים ותשעה הימים לשבעה שבועות. שבוע הראשון כולו חסד, אלא שהיום הראשון שבו הוא חסד שבחסד, והשני גבורה שבחסד, והשלישי תפארת שבחסד, וכן כל שבעה ימים עד מלכות שבחסד. שבוע שני כולו גבורה, אלא שהיום הראשון שבו הוא חסד שבגבורה, והשני גבורה שבגבורה וכן על זה הדרך כל שבעה השבועות.

ואלו הם אותם ארבעים ותשעה הימים הראשונים שספרו ישראל מיום צאתם מרעמסס סוכותה עד שבאו להר חורב והתייצבו בתחתית ההר לקבל את התורה, בהם נתעלו ישראל בכל המידות האלה יום אחר יום, מידה אחר מידה, שבת אחרי שבת, עד שביום האחרון מן השבוע האחרון זכו למלכות שבמלכות, והיה כל העולם כולו מתוקן אצלם במלכות שמיים בלבד, ואז נעשו כולם ממלכת כהנים וגוי קדוש בקדושת התורה לעולם ועד.