יהודי הקווקז המוכרים יותר כיהודי בוכרה, היו בני קהילות מפוארות של יהודים שהתפרסו בערים רבות באזור מרכז אסיה. חלק גדול מהאזור בו הייתה פזורה יהדות זו נמצא כיום בשטחה של מדינת אוזבקיסטן, בין הקהילות שהתקיימו באוזבקיסטן היו קהילות בוכרה, טשקנט, סמרקנד ושחריסבז, בנוסף לקהילות האוזבקיות הייתה קהילה גדולה גם בעיר דושנבה בירת טג'קיסטן ובבירת קירגיזסטן – בישקק.

יש הטוענים כי ההתיישבות היהודית באזור מרכז אסיה החלה עוד בימי בית המקדש הראשון עת הגלה סנחריב מלך אשור את עשרת השבטים מנחלתם בארץ ישראל אל לחלח וחבור מעבר לנהר גוזן. דעות אלה מזהות את אזור הקווקז כמקום אליו גלו עשרת השבטים. אין עדויות חותכות שיאמתו או יפריכו דעה זו אך ככל הנראה כבר לפני שיבת ציון ובנין בית המקדש השני החלו יהודים להתגורר באזור. לאחר שנתן כורש מלך פרס רשות ליהודים לעלות לארץ ישראל ולבנות את בית המקדש נותרו יהודים רבים בפרס, שלאחר זמן, מחמת אילוצים ורדיפות נדדו צפונה לאזור מרכז אסיה. היו אלה ככל הנראה האבות המייסדים של יהדות בוכרה.

בחשכת ימי הביניים, במאה השביעית לספירת הנוצרים התרחבה במהירות באזור אסיה דת האיסלאם, המוסלמים כבשו גם את בוכרה ונתנו ליהודים הדרים תחת שליטתם מעמד של 'דימי' שפירושו בן חסות שאינו בן הדת המוסלמית. מעמד זה העניק חופש דת ליהודים אך גם חייב אותם לשלם מס גבוה שנקרא 'ג'זיה' ושגובהו נקבע לפי ראות עיני המושל המוסלמי ששלט באזור בכל תקופה ותקופה, והוא שולם בעבור כל יהודי משהגיע לגיל מצוות.

בשנת ד'תתקע"ט לערך הגיעו צבאותיו של הכובש המונגולי ג'ינגס חאן למרכז אסיה וכבשו בסערה את אזור הקווקז יחד עם איראן, עירק וחלקים מרוסיה. צבאותיו האכזריים של ג'ינגס חאן החריבו את כל הערים בהם עברו ושרפום עד היסוד, אירוע זה פגע קשות ביהדות בוכרה שחרבה במשך כשמונים שנה עד לשיקום האזור על ידי המנהיג טימור לנג שנחשב לאבי האומה האוזבקית. טימור שיקם את הערים החרבות ועודד יהודים לשוב ולהתגורר בהן. היהודים שרבים מהם היו פרסים הביאו לבוכרה את תעשיית הטקסטיל וצביעת הבדים בה התמחו וממנה התפרנסו בכבוד, באותה הימים כל אדם שהסתובב כשידיו צבועות בצבעי הבדים היה מזוהה מיד כיהודי בוכרי.

למרות שהיהודים שבו לאזור לפי הזמנתו של טימור, הם לא היו אזרחים שווי זכויות. היו תקופות בהם הם נאלצו ללבוש בגדים מיוחדים בצבעי שחור צהוב או כובע מיוחד על מנת לזהותם כיהודים, ומגוריהם הוגבלו לרובע שנקרא בשם 'מאחאליי יהודיון' אשר מחוצה לו נאסרו המגורים על יהודים. בנוסף נאלצו היהודים להנמיך את גובה חנויותיהם מתחת לגובהן של החנויות המוסלמיות לאות סימן ונס כי חנות זו של יהודי הינה. בתקופה זו הוחל על היהודים מחדש מעמד ה'דימי' ושוב הם נאלצו לשלם את מס ה'ג'זיה' לשלטונות. מגבלות אלו וגזירות נוספות נאכפו על ידי המוסלמים בקנאות ולעיתים חויב יהודי שעבר עליהן בעונש מוות. בתקופות שונות לאורך אלף השנים הבאות ידעו היהודים עליות ומורדות בגזירות שנגזרו עליהם, אך למרות המגבלות והגזירות פרחה הקהילה היהודית ורבים מיהודיה היו אמידים ביותר. באותם הימים בנו היהודים את בית הכנסת הגדול שהיה בנין מפואר ביותר ושימש את יהודי בוכרה במשך למעלה מחמש מאות שנה, מלבד בית הכנסת זה לא נבנה באותה התקופה בית כנסת נוסף בגלל גזירה שגזרו המוסלמים כי ליהודים יותר לבנות בית תפילה אחד בלבד.

בשל תנאים גיאוגרפיים קשים שאפיינו את אזור הקווקז, עם השנים ניתק הקשר שהיה קיים בין יהדות בוכרה ליהדות העולם. בידוד זה החמיר לאחר ניתוק היחסים בין מדינות מרכז אסיה שהיו מוסלמיות סוניות לבין פרס שנשלטה על ידי מוסלמים שיעים. לאחר זמן מה החל בידודה של הקהילה נותן את אותותיו ומסורת ישראל החלה נשכחת ל"ע מיהודי בוכרה, תופעה זו החריפה עקב היעדרו של רב ומנהיג בעל שיעור קומה שיכול היה לעמוד על משמר חומות הדת ולמנוע את ההתדרדרות.

בסוף תקופה זו התרבתה בבוכרה תופעה של מיסיונריות מוסלמית, מולות מוסלמים שכנעו יהודים להמיר את דתם לאיסלאם, וברוב הפעמים נאלצו היהודים על כרחם להמיר את דתם למראית עין בעוד הם ממשיכים לקיים את מצוות היהדות בסתר. אנוסים אלו כונו בשם 'צ'אלה' שפרושו בטג'יקית 'לא פה ולא שם' - גם לא מוסלמים וגם לא יהודים. ה'צ'אלה' לא היו רצויים לא על המוסלמים אך גם לא על היהודים שראו חולשה בכח עמידתם של אלו שנכנעו ללחצים ואיומים והמירו את דתם, כתוצאה מכך נוצרה בבוכרה קהילה נפרדת של יהודים אנוסים.

בשנת ה'תקנ"ג הגיע אל בוכרה שד"ר (שלוחא דרבנן) מארץ ישראל מן העיר טבריה, שמו של השד"ר היה רבי יוסף ממן מוגרבי זצ"ל והוא היה יהודי בר אוריין מבני העדה הספרדית בטבריה. רבי יוסף שהגיע לבוכרה על מנת לגייס כספים עבור עניי ארץ ישראל הזדעזע מהעוני הרוחני בו היו שרויים יהודי בוכרה וחיש מהר החליט ליטול על עצמו את התפקיד לשקם את מצבה הרוחני של קהילה זו. רבי יוסף החל מלמד את היהודים את עיקרי ההלכות וכיצד יש להתפלל, תוך שהוא משריש ביניהם את מסורת יהדות ספרד אליה על פי טענתו השתייכו אבותיהם של יהודי בוכרה. רבי יוסף השתקע בבוכרה והנהיג את הקהילה במקום במשך עשרות שנים, בתקופה זו דאג רבי יוסף להביא מארצות אירופה מלמדים יהודיים על מנת שיקימו תלמוד תורה עבור ילדי הקהילה בו ילמדו תורה לפי דרך ישראל סבא. רבי יוסף גם עודד את יהודי בוכרה לעלות לארץ ישראל ולחונן את עפרה ובהשפעתו עלו רבים לארץ ישראל והתיישבו בירושלים עיר הקודש בה ייסדו מאוחר יותר את שכונת הבוכרים הקיימת עד היום.

בימיו של רבי יוסף הגיע אל בוכרה רב מרבני תימן בשם רבי זכריה מצליח זצ"ל, רבי זכריה חלק על דעתו של רבי יוסף וסבר כי על יהודי בוכרה להמשיך ולדבוק במסורתם שהייתה מבוססת על מסורת יהדות פרס ולא לילך אחר מסורות יהודי ספרד. מחלוקת זו גרמה לפילוג בין רבני העדה אך הייתה זו מחלוקת לשם שמים שלא פגעה חלילה בחומות הדת, באותם הימים נוסדו בבוכרה ישיבה ובית מדרש להכשרת שוחטים והקהילה חייתה חיים יהודיים פורחים.

תלמידים יהודים עם רבם בסמרקנד, 1910 [צלם]

בשנים הבאות הגיעו שד"רים נוספים מארץ ישראל לאזור מרכז אסיה והם הוסיפו לחזק את יהדות בוכרה, כזה היה השד"ר רבי רפאל אוחנה זצ"ל שהגיע לבוכרה בשנת ה'תרמ"א והראשון לציון רבי יעקב מאיר זצ"ל שהגיע כשנה אחר כך. רבי יעקב מאיר לא הוכתר כראשון לציון בעת שהגיע לבוכרה אלא שימש כשד"ר לכוללות ירושלים, יהודי בוכרה כיבדו את רבי יעקב מאיר כבוד גדול וקראו את שמות ילדיהם על שמו. לאחר שהוכתר רבי יעקב מאיר לראשון לציון הוא סייע רבות ליהודים שעלו מבוכרה לארץ ישראל ובחרו להשתכן בירושלים עיר הקודש.

במאה הי"ט התרחבה יהדות בוכרה כאשר השלטונות המוסלמים התירו ליהודים להתיישב מחוץ לאזור ה'מאחאליי יהודיון'. ביטול הגזירה אפשר ליהודים רבים לעבור ולהתגורר בבוכרה דבר שנמנעו ממנו עד לאותה עת מפני הצפיפות הרבה ששררה ברובע היהודי. ביטול הגזירה גם היווה כמין הקדמת רפואה למכה ליהודי העיר משהד שבפרס שבאותו הזמן גורשו מבתיהם על ידי מוסלמים שיעים קנאים, המוסלמים שרפו את הרובע היהודי ואילצו יהודים רבים להמיר את דתם, גזירות אלה גרמו להגירה של יהודים מפרס לבוכרה והם הרחיבו משמעותית את הקהילה המקומית.

בסוף המאה הי"ט כבשה רוסיה אזורים נרחבים במזרח אסיה, שינויים מדיניים אלו הביאו להרעה במצבם של יהודי בוכרה שהואשמו על ידי האמיר המוסלמי ששלט באזור כי הם מסייעים לרוסים. בעקבות רדיפות אלו עקרו יהודים רבים מבוכרה ועברו לטשקנט, סמרקנד ולמקומות נוספים. זמן קצר לאחר הכיבוש הרוסי החלו גם הללו להגביל את היהודים בחקיקה אנטישמית, סיבת האפליה הייתה תחרות שנוצרה בין הסוחרים היהודים לסוחרים הרוסים ובעקבותיה נגזרה על היהודים גזירת גירוש מבוכרה. גזירת גירוש זו לא מומשה מעולם אך הרוסים החלו מבדילים בין יהודים בוכרים ותיקים שהוכרו כשווי זכויות לבין יהודים שהיגרו לבוכרה מאוחר יותר והם הוגבלו ביותר באורח חייהם ובאזור המגורים בו הותר להם להתיישב.

בראשית המאה העשרים הושלמה בנייתה של מסילת הרכבת הטרנס – כספית, מסילת ברזל זו גישרה על פני המכשולות הגיאוגרפיים שבודדו את אזור הקווקז וחיברה את יהדות בוכרה עם קהילות יהודיות בעולם ובכך הסתיימה תקופה ארוכה ביותר של בידוד בו הייתה שרויה הקהילה, מסילת ברזל זו גם פתחה את הדרכים לאזור המזרח התיכון והגבירה בכך את עליית יהודי בוכרה לארץ ישראל.

בחורף של שנת ה'תרפ"ג הגיעה לסיומה המהפכה הבולשביקית וברוסיה הוכרז על כינונה של ברית המועצות הבולשביקית, יהודי בוכרה תמכו בתחילה בבולשביקים ובמהפכה מפני שסברו כי הם יגרמו לאנטישמיות המוסלמית לדעוך. בתחילה אכן נטו הבולשביקים חסד ליהודים בשל תמיכתם במהפכה אך עד מהרה הם החלו נלחמים ביהדות וסגרו בתי כנסת ומוסדות דת. בעקבות שינוי זה במדיניות הבולשביקים הרימה האנטישמיות המוסלמית שוב את ראשה והיהודים החלו סובלים מנחת זרועם של שכניהם המוסלמים לאורך כל תקופת השלטון הבולשביקי שלא עשה מאומה על מנת להגן על היהודים. למרות רדיפת הבולשביקים את היהדות הם תרמו רבות להתרחבות הקהילות היהודיות במרכז אסיה בכך שהגלו למקום המוני יהודים שהוכרו כמתנגדי השלטון, יהודים אלו הרחיבו את הקהילות היהודיות והוסיפו רבות לפיתוחן.

לאורך כל התקופה בה שלטו הקומוניסטים במרכז אסיה התנהלה מתחת לאפם תנועת עליה לא לגאלית לארץ ישראל, אלפים מיהודי בוכרה עלו לארץ ישראל בעקבות רדיפות הרוסים את היהדות ורדיפות המוסלמים את היהודים. לאחר נפילת הקומוניזם גברה העלייה ממרכז אסיה לארץ ישראל ולארצות הברית ודלדלה בעשרות אחוזים את יהדות מרכז אסיה, כיום מתגוררים באוזבקיסטן כעשרת אלפים יהודים ובטג'יקיסטן כאלף נוספים. יהודי אוזבקיסטן נהנים מחופש דת יחסי ומצבם טוב בהרבה מיהודי טג'קיסטן הסובלים מאנטישמיות מצד ארגונים מוסלמים קיצוניים הפועלים במדינה. יהדות מרכז אסיה פורחת היום מהפן הרוחני ומוסדות תורה וחסד וחינוך יהודי פועלים בקהילות אלו. פעילות יהודית ענפה זו נזקפת רבות לנגיד ר' לוי לבייב מיוצאי בוכרה שמשקיע רבות מאונו והונו להפצת אור היהדות במרכז אסיה באמצעות רשת מוסדותיו 'אור אבנר'.