במשך שנים ארוכות לאורך כל התקופה הביזנטית, התגוררו יהודים רבים באזור טורקיה בכלל ובעיר קונסטנטינופול בפרט. למעלה מאלף שנה שלטו בטורקיה הבזנטים יורשיהם של האימפריה הרומית. קיסרי הבזנטים היו נוצרים ותחת ידם פרחה הכנסייה הנוצרית. התחזקות זו של הנצרות פגעה רבות ביהודים שהתגוררו תחת ידו של שלטון הביזנטים והם היו חשופים תדיר לפרעות ופוגרומים שנערכו בהם ללא רחם. גם בשנים בהן היה השלטון עצמו מתון יחסית והיהודים נהנו מרווחה מצד השלטונות עדיין ידה של הכנסייה הייתה קשה עליהם והם סבלו רבות.

תור הזהב של יהדות טורקיה החל עם הקמתה של האימפריה העות'מאנית. בשנת ה'רי"ג נכבשה העיר קונסטנטינופול על ידי הסולטאן מהמט השני, הטורקים מצאו את קהילת היהודים שבעיר שחוחה ונדכאת והיהודים ראו בסולטאן ובצבאו את מושיעיהם מידה הקשה של הכנסייה הנוצרית.

האימפריה העות'מאנית נתנה חופש דת לכל העמים והכריזה על סובלנות כלפי היהודים. לראשונה קיבלו היהודים אישור מהשלטונות לבנות להם בית כנסת, ועד מהרה מימשו היהודים את ההיתר וייסדו את בית הכנסת 'עץ חיים', בית כנסת זה היה פעיל עד לשנים האחרונות בעיר בורסה שבטורקיה. באותם הימים שונה שמה של העיר קונסטנטינופול לאיסטנבול ובלשונם של היהודים נקרא שמה קושטא.

היהודים מצאו שלווה תחת ידם של העות'מאניים ועדות לכך אנו מוצאים במכתבו של רבי יצחק צרפתי מאידרנה זצ"ל שנשלח על ידו לקהילות ישראל באירופה. במכתבו קורא רבי יצחק לקהילות ישראל הנאנקות תחת עול המלכים הנוצרים לבוא ולהשתכן ברווחה בטורקיה תחת שלטון החסד של העות'מאניים. ככלל, הייתה האימפריה העות'מאנית כמין קרן של אור בתקופה החשוכה של ימי הביניים. הטורקים נתנו חופש מלא למיעוטים ובכללם ליהודים, ההגבלה היחידה שהוטלה על היהודים הייתה תשלום מס גולגולת לשלטונות וכן נאסר עליהם לשרת בצבא לפי שאינם מוסלמים, מגבלה זו הייתה דווקא לטובתם של היהודים שלא היו יכולים לשמור כיאות תורה ומצוות בצבא העות'מאני. 

על מנת לשמור על הסדר בחיי היהודים תחת שלטון העות'מאניים, מינה הסולטאן בכתב הכתרה ממלכתי מיוחד את גדולי רבני היהודים לאורך השנים לתפקיד 'החכם באשי'. החכם באשי היה למנהיג היהודים בכל רחבי האימפריה העות'מאנית ולנציגם בפני השלטונות. בתקופה בה כיהן כחכם באשי הגאון רבי חיים אברהם גאגין זצ"ל הכתירו אותו השלטונות גם בתואר הראשון לציון – רבה של ירושלים, ומיני אז ועד לנפילת האימפריה העות'מאנית היה החכם באשי גם רבה של ירושלים. 

יחסם המתון של העות'מאניים כלפי היהודים היה לפתח הצלה ליהודי ספרד עליהם נגזרה בשנת ה'רנ"ב גזירת הגירוש הנוראה. לאחר שנגזרה הגזירה הזמין הסולטאן העות'מאני ביאזיד השני את היהודים המגורשים לבוא ולהשתכן בארצו. כמאה וחמישים אלף יהודים – כמעט מחצית מהמגורשים בחרו להיענות להצעתו של הסולטאן ועברו להתגורר בטורקיה. יהודים אלו פיתחו והרחיבו את המסחר והכלכלה בטורקיה והאימפריה העות'מאנית התעשרה עד למאוד בזכות חסדה עם המגורשים. 

הסולטאן ביאזיד השני אף ציין בעצמו עובדה זו וטען כי הקיסר הספרדי פרדיננד עשה טעות כלכלית חמורה בכך שגירש את היהודים מארצו ופגע בכך בכלכלתה של ספרד. רבים מצאצאיהם של גולי ספרד אף הגיעו למשרות מפתח בחצר המלוכה העות'מאני והיו רבי השפעה, המפורסמים שבהם היו דון יוסף נשיא ודונה גרציה. שר הכספים של הסולטאן מהמט השני היה חכים יעקב פאשה ובחצרו של מורט השני שרתו כרופאי הסולטאן משה חמון ואברהם דה – קסטרו. 

גם חיי הרוח של יהודי קושטא זכו לעדנה עם בואם של יהודי ספרד. בין המגורשים היו רבנים רמי מעלה תלמידי חכמים וברי אוריין שחיזקו את  חומות הדת של יהדות טורקיה והפכו למנהיגי הקהילות היהודיות בקושטא.

לאורך שנים רבות, בייחוד בתקופה בה שלטו העות'מאניים בארץ ישראל, הייתה העיר איסטנבול תחנה חשובה בדרכם של יהודים רבים שעלו מארצות אירופה לארץ ישראל. מפורסמת ביותר היא חנייתו של בעל שם טוב הקדוש באיסטנבול. בעת ששהה הבעל שם טוב בעיר פעל הוא  גדולות ונצורות עבור יהודי העיר והצילם מעלילה חמורה שרצה להעליל עליהם הווזיר הגדול יד ימינו של הסולטאן. אמנם, בסופו של דבר סב הבעל שם טוב על עקביו ולא עלה לארץ ישראל. את שהותו של הבעל שם טוב באיסטנבול מסכם האדמו"ר רבי יצחק אייזיק מקומרנא זצ"ל במילים קצרות: 'הבעש"ט מסר נפשו ונסע בימי החורף ובחג הפסח היה בעיר סטמבול ושם עשה נוראות ונפלאות... והוצרך לברוח בספינה ואמרו לו מן השמיים שיחזור ולא רצה ולקחו ממנו כל המדרגות, אף תורתו ותפילתו, עד לא ידע לאמור ברוך בתוך הסידור, שלא הבין את האותיות... וקיבל הכל, עד שנשברה ספינתו ובתו הצדקת אדל טבעה בים ותצעק 'אב הרחמן היכן אתה שאתה רואה בצרתי?....' וכשראה שצרתו גדולה שבאה נפשו עד שאול אמר שמע ישראל וכו' אני חוזר לביתי'. תלמידי הבעל שם טוב שעלו לארץ ישראל בהנהגתו של רבי מנחם מנדל מויטבסק זצ"ל עברו אף הם דרך העיר קושטא ממנה הפליגו בספינה לארץ ישראל.

בראשית המאה הט"ז לספירת הנוצרים כבר מנתה הקהילה היהודית בקושטא למעלה משלשים אלף יהודים. יהודי קושטא היו רבים ומגוונים ויעידו על כך בתי הכנסת הרבים שחלקם קיימים בעיר עד היום. מ"ד בתי כנסיות שירתו את יהודי קושטא באותה העת, בין בתי הכנסת אלו אנו מוצאים בתי כנסת ספרדיים, איטלקיים, מקדוניים, ואף בתי כנסת אשכנזיים. הקהילות השונות בקושטא חיו זו לצד זו בנחת ובשלווה כל אחת ואחת כפי מנהגיה ומסורותיה המקובלות לה מדור דור. 

מחלוקת גדולה נחלקה הקהילה היהודית בקושטא בפרט ובטורקיה כולה. היה זה עם בואו של משיח השקר שבתי צבי לטורקיה, רבים מיהודי טורקיה טעו אחרי נבל זה והקהילה היהודית נחלקה בין המאמינים בו לבין המכירים בשקריו. גם לאחר התאסלמותו של שבתי צבי ואף אחרי מותו הוסיפה להתקיים בטורקיה כת ממאמיניו, כת זו נקראה בשם דונמה ושרידיה חיים עד היום בטורקיה ודתם היא כלאיים של אסלאם יהדות ושבתאות.

במלחמת העולם הראשונה נחלה האימפריה העות'מאנית מפלה והיא איבדה את כל השטחים בהם שלטה מחוץ לגבולות טורקיה. גם לאחר המלחמה הוסיפו היהודים לחיות בשלווה בקושטא ובימי מלחמת העולם השנייה ניצלו יהודים אלו לאחר שטורקיה נקטה בעמדה ניטראלית במלחמה ולא נכבשה על ידי גרמניה הנאצית. כאשר החלו הנאצים להרים ראש בגרמניה הציע נשיא טורקיה מוסטפה כאמל אטאטורק ליהודים להימלט מאירופה אל ארצו, ואלו שאכן נענו להצעה הצילו בכך את חייהם. טורקיה אף שמשה נתיב מעבר חשוב של יהודים לארץ ישראל במהלך מלחמת העולם השנייה.

החל משנות הארבעים של המאה ה-20 למניינם, החל מספרם של יהודי טורקיה להתמעט. למעלה ממאה אלף איש מיהודי טורקיה עלו לארץ ישראל, וכיום מונה הקהילה היהודית בטורקיה כעשרים וחמש אלף נפשות. רובם של היהודים חיים כיום בעיר קושטא – איסטנבול.